La Iglesia de San Juan Bautista está situada en el Centro Histórico de Málaga, en la calle del mismo nombre.
Fue una de las cuatro Parroquias erigidas por los Reyes Católicos, junto al Sagrario, Santiago y Santos Mártires, tras la conquista de la ciudad en 1487.
Ha sido declarada Bien de Interés Cultural (BIC) en 2019.
La Iglesia es de planta basilical, con tres naves separadas por arcos de medio punto sobre pilares de basas, forrados por mármoles polícromos.
La nave central está cubierta con bóveda de medio cañón y las laterales con bóveda y arista.
En el exterior del templo sobre la portada principal de la iglesia hay una hornacina con una imagen de San Juan Bautista, realizada por el escultor José Casamayor en piedra arenisca.
Son características las pinturas murales de su fachada, típicas del estilo malagueño del siglo XVIII.
El terremoto de 1680 derribó la Torre que fue reconstruida en el siglo XVIII con una imponente Torre-pórtico que tiene la originalidad de dar entrada a la Iglesia por la nave lateral derecha, a través de un arco de medio punto.
El pórtico de esta magnífica Torre es rectangular y está cubierto con bóveda elíptica.
En la parte izquierda de la Iglesia hay actualmente otra portada abierta en 1988, sufragada por las Cofradías que se alojan en este templo, para evitar que cada Semana Santa hubiera que demoler y volver a construir el muro para la salida de los tronos, pues éstos no cabían por la antigua puerta.
La capilla mayor está presidida por el Cristo de la Vera Cruz (siglo XVI), titular de las Reales Cofradías Fusionadas y sobre el Cristo está la figura de San Juan Bautista.
El púlpito, de mármol rojo jaspeado, es del siglo XVIII y tiene 2,5 metros de altura.
Se abrieron Capillas, a ambos lados de las naves laterales, en distintas épocas, patrocinadas por las Cofradías con sede en la Iglesia, intercaladas con altares neobarrocos dedicados a diversas devociones.
Esta Parroquia es sede de dos Cofradías: las Reales Cofradías Fusionadas y la Cofradía de Dolores de San Juan.
Pinturas murales de la fachada de la Iglesia de San Juan Bautista, típicas del estilo malagueño del siglo XVIII.
Entre los días 10 y 13 de mayo de 1931 tuvo lugar en toda España una ola de violencia anticlerical contra edificios e instituciones de la Iglesia católica, pocas semanas después de haberse proclamado la Segunda República.
Los disturbios comenzaron en Madrid y rápidamente se extendieron por otras ciudades del sur y el levante peninsular. Alrededor de cien edificios religiosos ardieron total o parcialmente aquellos días, se destruyeron objetos del patrimonio artístico y litúrgico, se profanaron algunos cementerios, se quemaron conventos y varias personas murieron y otras resultaron heridas.
La Iglesia de San Juan fue atacada y totalmente destrozada el 12 de mayo de 1931. Entre las pérdidas sufridas figuran varias tallas del siglo XVII: Cristo de la Columna, de la Exaltación, y de Ánimas; una Purísima policromada de escuela granadina, San Juan Bautista y San Juan Evangelista de la escuela de Alonso Cano; una Virgen de la Antigua; y varios objetos del siglo XVIII: un San José, un óleo de la Virgen del Rosario, atribuido a Murillo, cinco lienzos religiosos de la escuela de Valdés Leal, una cruz procesional grande de carey y plata, las capillas de Jesús de los Azotes y Columna y de san Antonio de Padua, un estandarte bordado y parte del archivo parroquial.